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plone4bio

plone4bio è un set di prodotti per fare bioinformatica dentro al nostro CMS preferito, Plone.

Siamo lieti di annunciare un nuovo progetto Plone: plone4bio. Come il nome suggerisce, è concepito come un set di prodotti per fare bioinformatica internamente al nostro CMS favorito, Plone.

Cos'è plone4bio

Il razionale del progetto plone4bio è fornire un ambiente integrato in cui sia possibile gestire e analizzare sequenze di proteoma o di genoma.
Il package plone4bio offre la possibilità di aggiungere un nuovo tipo di contenuto, chiamato sequence, che può essere sia scritto a mano, o importato da un file FASTA, e di applicare a tale sequenza un programma, chiamato predictor, che restituisce un plot probabilità previste che la sequenza abbia una data proprietà (quella che il predittore cerca di determinare).
Un predittore può cercare di stabilire se una sequenza proteica sia trans-membrane, se esiste un peptide segnale, e così via.

plone4bio.base

Il package plone4bio.base definisce uno scheletro di predittore: derivando da esso, è possibile integrare qualsiasi altra applicazione e visualizzare assieme tutti i risultati.

biocomp.pscoils

E' un predittore di esempio, che incapsula l'algoritmo pscoils algorithm di Fariselli et al. disponibile su http://www.biocomp.unibo.it/
E' inteso come esempio di come integrare i propri predittori nel framework plone4bio.

Requisiti

  1. python2.4
  2. python setup tools (il package Debian python-setuptools)
  3. biopython
  4. PIL

Download e pagina del progetto

Il software è disponibile a http://www.plone4bio.org

Altre informazioni

Sul sito web o via subscribe alla mailing list p4b@biodec.com
Per installazione e documentazione, riferitevi ai file README.txt e INSTALL.txt dell'archivio, o allo script pubblicato sul plone4bio wiki site.
plone4bio è pubblicato sotto la GPL.
plone4bio è  prodotto indipendentemente da Plone, e non reca garanzie di sorta da parte della Plone Foundation riguardo alla qualità, compatibilità o altro. Chi ha fornito il prodotto si assume tutta la responsabilità al riguardo.