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HaPlone

Un'applicazione di semplice utilizzo, basata sul web, per la gestione di dati di anropologia molecolare.

Campioni e dati di Antropologia Molecolare

laboratory dataIl progetto strategico “BiBi – Biodiversity and Bioinformatics” dell'Università di Bologna è stato diretto alla collezione ed organizzazione di campioni e dati di antropologia molecolare. Uno degli obiettivi specifici era "il disegno, l'implementazione, il test e la manutenzione di un database utile per studi teorici".

HaPlone

A tale fine, abbiamo sviluppato HaPlone, un'applicazione web-based costruita sul content management system Plone. L'applicazione consente di memorizzare, consultare, ricercare e recuperare dati attraverso la familiare interfaccia di un browser web.
I dati sono conservati nella struttura dati "Soggetto", contenente dati sia personali, sia molecolari, che possono essere inseriti, consultati e modificati utilizzando una interfaccia di utilizzo assai semplice. Per ogni soggetto, l'applicazione calcola al volo l'aplogruppo, basandosi sui relativi UEP testati, come anche il più recente antenato comune per ogni linea sessuale, basandosi sulla popolazione memorizzata nel database.

 

Haplone branch data

Reporting avanzato

Il sistema si occupa anche di controllare la coerenza dei dati, avvisando l'utente di potenziali errori, come UEP inconsistenti o conflittuali, o STR fuori dal range per un dato soggetto. Sottoinsiemi per popolazione possono essere rapidamente selezionati (per località, aplogruppo, sesso, MRCA) utilizzando semplici formulari di interrogazione, i cui report forniscono anche statistiche di base e diagrammi basati sugli insiemi selezionati. Inoltre, i dati selezionati possono anche essere rapidamente esportati in file CSV per un trattamento da parte di altri software come fogli elettronici o pacchetti statistici.

 

Haplone chart

 


Facendo leva sulle funzionalità di controllo degli accessi di Plone, l'applicazione può fornire accesso selettivo ai dati immagazzinati, consentendo un controllo a grana fine su cosa può essere consultato da un utente anonimo, rispetto a un utente autenticato, e quindi può essere utilizzata contemporaneamente per la condivisione di informazione interna e la disseminazione dei dati. Al presente, il prototipo gestisce solamente dati molecolari (UEP e STR) del cromosoma Y, ma è pianificata un'estensione della gestione dati al DNA mitocondriale.

Ulteriore documentazione

Una breve presentazione di HaPlone è disponibile su SlideShare. Un sito Web pubblico è accessibile nell'ambito del progetto Biodiversity and Bioinformatics.