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Bioinformation Management System

Il principale prodotto software di BioDec. Il BMS imbriglia la potenza del miglior CMS open source, e la utilizza per la gestione dei vostri diari di laboratorio, nel rispetto di flussi di lavoro definiti dall'utente. L'integrazione con database di sequenze annotati, pubblicamente disponibili o privati, può essere occasione di intuizioni pionieristiche sul significato e le implicazioni dei dati di sperimentali.

Cos'è?

Anch'esso profondamente radicato in Plone4Bio, il pacchetto Bioinformation Management System (BMS) è composto dal software proprietario BioDec per la gestione dei dati di laboratorio (il BMS propriamente detto), integrato con la versione BioDec di Plone4Bio e i database annotati: comprende interfacce Plone per raccogliere, gestire e analizzare dati di laboratorio generati da specifiche tecniche di biologia molecolare.

Diario di Laboratorio

A parte il consueto diario di laboratorio, che registra scopi e condizioni dell'esperimento, l'interfaccia del BMSlaboratory diary comprende pagine specificamente strutturate per la registrazione di dati sperimentali propri delle varie tecniche. I dati possono comprendere immagini digitali, e possono essere condivisi internamente a un gruppo di lavoro o a un'organizzazione, secondo flessibili politiche di sicurezza, interamente governabili da parte dell'utente. Sono supportati flussi di lavoro definiti dall'utente, che possono essere differenziati a seconda della tecnica impiegata e delle specifiche del Cliente, il che assicura una perfetta rispondenza tra le regole applicate in laboratorio ed il ciclo di vita del dato.

Gestione di dati di laboratori specializzati

Tra le tecniche supportate:

  • Saggi Immunochimici: una griglia di dati compilata dall'utente può complementare l'immagine di piastre o griglie rivestite di immunogeno e consentire la registrazione di dati per ogni cella della griglia;
  • Tecniche di Polymerase Chain Reaction: sono registrabili informazioni specifiche, tra cui i dati sui cicli di amplificazione, sia per PCR a campione singolo (tipicamente preludio a un'elettroforesi), sia per PCR multi-campione;
  • Tecniche “blot” di Elettroforesi: sono registrate informazioni sui protocolli sperimentali, e le immagini dei gel.

Ulteriori tipi di dati e personalizzazioni della filiera sono disponibili come sviluppi a richiesta. (si veda la sezione di consulenza).

Dati di laboratorio

Come esempio, abbiamo esteso il BMS con funzionalità per la gestione di dati genetici, come necessario nei campi dell'Antropologia Molecolare e della Genographics. Il risultato è Haplone, un'applicazione BMS per la gestione di alberi di aplogruppi.