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Database Annotati

Ecco alcuni esempi di database annotati su misura che abbiamo costruito

dbZenPatches

Zenpatches è un database di siti putativi di interazione proteica per il rilascio corrente della Protein Data Bank. E' generato applicando ZenDock a ogni catena proteica e aggregato sopramolecolare per cui sia disponibile una struttura nella PDB.

 

dbAtlanti BioDec del Proteoma
  • Atlanti di Procarioti. Sono proteomi parziali o totali di organismi le cui sequenze sono annotate in nove classi differenti, tra cui le proteine di membrana all-beta e le proteine solubili secrete.
  • Atlanti di Eucarioti. Sono proteomi parziali o totali di organismi le cui sequenze sono annotate a seconda della locazione subcellulare, ed informazioni strutturali.

Questi risultati sono pubblicati in vari formati di presentazione, come e-books PDF con hyperlink, da leggere o stampare, pagine HTML per la pubblicazione sul Web, e dati XML per interscambi.

dbSeptimus Human GPCR classification

The Cribrum Il Biodecoder Cribrum viene applicato al proteoma umano per ricercare i G-Protein Coupled Receptors (GPCR). Le sequenze rilevate sono quindi annotate utilizzando il decoder Septimus-99HMMers, e sono classificate secondo una procedura BioDec.