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Angler

Il classificatore Angler per sequenze di proteoma.

AnglerAngler consiste di due moduli, uno specifico per i Procarioti  (Angler-PRO) e l'altro per gli Eucarioti (Angler-EU). Si basano su di una combinazione gerarchica di differenti strumenti BioDec. Angler-PRO si basa sul metodo HUNTER di Casadio et al. (Protein Sci. 12, 2003, 1158), che classifica sequenze di proteoma gram-negative in nove differenti classi, che tra le altre comprendono le proteine di membrana all-beta e le proteine secrete solubili, che sono le più rilevanti per lo sviluppo dei vaccini. Angler-PRO cpuò sommariamente essere descritto come segue: il primo, e più impegnativo, passo di Angler è la costruzione di un profilo proteico per ogni sequenza di proteine; poi, viene eseguito uno step di classificazione estremamente veloce, che divide il proteoma in nove classi differenti; poi, tutte le sequenze sono passate ad un robusto protocollo di riconoscimento fast foldper evidenziare gli omologi strutturali putativi della sequenza classificata. 

La classificazione di Angler è altamente affidabile: ad esempio, le prestazioni di Angler sono state valutate accurate all' 85% e la copertura della classe "Outer Membrane Protein" su E. coli K12 è stata pari al 75%. Angler-EU condivide la stessa filosofia di Angler-PRO. Tuttavia, si basa su una filiera differente, con classi finali notevolmente diverse. Ciò è dovuto ai vari organelli tipici della cellula eucariota, che richiedono una calibrazione sofisticata e specifica degli algoritmi di classificazione.